Es en la zona de Viñales donde se encuentran los sistemas cavernosos más grandes de Cuba, gracias a la composición de piedra caliza de sus montañas, conocidas como Mogotes.
La Cueva del Indio se encuentra a solo 7km del centro y su nombre se debe a la evidencia de vida aborigen encontrada dentro cuando fue descubierta en los años 1920. Ha sido preparada para visitantes desde 1940, es de muy fácil acceso y cuenta con luz eléctrica.
La cueva de Santo Tomás ofrece un desafío para los más aventureros. Está ubicado en la comunidad El Moncada, a unos 20 km de Viñales. No tiene luz, por lo que la visita incluye linterna, casco y servicio de guía turístico.