É nella zona di Viñales dove si trovano i più grandi sistemi cavernosi di Cuba, grazie alla composizione calcarea delle sue montagne, conosciute come Mogotes.
La Grotta del Indiano si trova a soli 7 km dal centro e il suo nome è dovuto alle testimonianze della vita aborigena rinvenute al suo interno quando fu scoperta negli anni 1920. È predisposto per i visitatori dal 1940, è di facile accesso e dispone di luce.
La grotta di Santo Tomás offre una sfida per i più avventurosi. Si trova nella comunità di El Moncada, a circa 20 km da Viñales. Non ha elettricità quindi la visita include una torcia, casco e servizio di guida turistica.